U samostanu Male braće živjelo je ponekad i na desetke redovnika. Život u jednom takvom zdanju bio bi gotovo nemoguć bez vode. Stoga su franjevci zasigurno odmah na početku gradnje napravili cisternu. O njenom postojanju pisao je još Filip de Diversis. On je naveo da je cisterna imala izvorsku vodu. Danas se ne zna na koju je cisternu mislio. U malom klaustru još uvijek postoji cisterna u koju se slijeva kišnica s krovova tog dijela samostana i voda iz nje sigurno je dugo vremena služila za piće redovnicima. Kako važna je ta cisterna za redovnike bila pokazuje podatak da su i oborinske vode, s krovova koji okružuju veliki klaustar, kamenim olucima također usmjeravane u nju. Tek kada bi ona bila puna, kišnica koja je dolazila s velikog klaustra posebnim je čepovima usmjeravana prema odvodu.
Postojala je i cisterna u blizini velikog klaustra u prizemlju sjevernog krila samostana, koja je danas zatrpana, a njezino dno sigurno je bilo ispod razine mora, pa je moguće da je u njoj bila bočata voda. To je voda koja je dolazila iz mora i miješala se s kišnicom koja je u cisternu bila usmjeravana.
Ova cisterna poznata je po jednoj zanimljivoj epizodi iz vremena Dubrovačke Republike. U nju se 1662., tražeći crkveni azil, na splavi koja je plutala na vodi, skrio dubrovački plemić Marojica Kaboga nakon što je ubio Nikšu Sorga. Dubrovačke vlasti, smatrajući da Kaboga nema pravo na crkveni azil, otkrile su ga, uhitile i smjestile u tamnicu u Kneževu dvoru. O tom slučaju godinama se vodio spor u kojeg je bio uključen čak i papa Alaksandar VII. Na koncu je papa dao rješenje da se Kaboga može osuditi, ali ne ubiti. Kabogu je međutim spasio potres 6. travnja 1667. u kojem su poginuli mnogi, a među njima i dvojica franjevaca u Kneževu dvoru, dok je on ostao živ i dospio na slobodu. Iskazao se kao organizator koji je okupio nekoliko ljudi i obračunavao se s pljačkašima koji su koristili zbrku poslije potresa, te uspostavio red u razrušenom gradu. Samo dvadesetak dana nakon potresa, 24. travnja, Veliko vijeće u tvrđavi Revelin sastavilo je privremenu vladu u kojoj je mjesto dobio i bivši zatvorenik Marojica Kaboga.
U klaustar je došla voda vodovodom inženjera Giordana Onofria della Cava oko 1440., kada je u klaustru napravljena i fontana. U to vrijeme i samostan je dobio vodu iz istog vodovoda, pa je problem s pitkom vodom za duže vremena bio riješen.
Poseban problem danas je višak oborinskih voda u klaustru. Za vrijeme kiše sa svih okolnih krovova oko klaustra i s gornje blago nakošene šetnice voda se slijeva u odvodne kanale. Pri tom ona u kutovima terase prolazi kroz reljefima ukrašene kamene „rigalice“. Riječ je o kamenim skulpturama glava lava kroz čija usta voda pada u otvoreni odvodni kanal. Rigalice se nalaze malo ispod nivoa gornje šetnice u sva četiri kuta klaustra. Ona na jugoistoku bila je uništena udarom granate u domovinskom ratu. Nadomještena je 2012. replikom koja je izrađena prema onoj u sjeverozapadnom kutu. Oborine se inače slijevaju u samo jedan odvod na jugozapadnom dijelu klaustra. U njega idu i oborine iz dvorišnog vrta kao i s pločnika iz srednjeg dijela otvorenog dvorišta. Problem s odvodnjom nastaje u trenutku kad se zaguši odvodni sustav ispod Straduna, pa zbog nemogućnosti otjecanja vode i donja šetnica klaustra biva poplavljena, što se posljednjih godina događalo nekoliko puta. Oborinske vode ponekad zbog udara vjetra u manjim količinama dospijevaju i na donju šetnicu. Za vrijeme dok su u klaustru bili grobovi, uglavnom se ta voda gubila u pukotinama oko njih. Nakon što su grobovi iz klaustra uklonjeni i postavljen novi pločnik, čije sljubnice su također zatvorene mortom, na šetnici se ponekad zadržavala voda. Zbog toga su na tu šetnicu ugrađena dva sifona, koja su odvodnim cijevima povezana s glavnim odvodom, pa u slučaju veće vode preko njih dolazi do slijevanja u odvodni kanal.
Fra Stipe Nosić