Općenito je prihvaćeno mišljenje da se ljekarna Male braće nalazi u prostoru samostana onoliko dugo koliko je i franjevački samostan unutar zidina.
To razdoblje započelo je godine 1317., kako to svjedoče dokumenti sačuvani u Dubrovačkom gradskom arhivu. Veliko vijeće Dubrovačke Republike donijelo je te godine, naime, odluku da se poruši samostan izvan zidina na Pilama i da se sagradi novi unutar gradskih zidina. I drugi dokumenti prate gradnju ovog velikog zdanja. Nema međutim nikakva pisanog traga da je u to vrijeme u samostanu postojala ljekarna. Ipak, ta godina uzeta je kao godina osnutka ljekarne, zbog činjenice da je bilo uobičajeno da se kod gradnje samostana odmah planira izgradnja samostanske bolnice. Da je uz bolnicu išla i ljekarna, barem za potrebe braće, također je sasvim razumljivo.
Bolnica je međutim bila izgrađena u gornjem dijelu samostana (u predjelu Malog klaustra), a ljekarna (aromatorij) se nalazila u prizemlju samostana, na mjestu na kojem je danas smješten muzej stare ljekarne. Da se ljekarna nalazila baš na tom mjestu, potvrđuju popisi ukopanih, koji često donose oznake položaja groba neke obitelji. U popisu su tako česti opisi gdje se nalazi neki grob: ‘pred spičarijom’ ili ‘blizu spičarije’. Kad je ljekarna preseljena u Mali klaustar, za položaj grobova počinje se koristiti izraz: ‘pred starom spičarijom’. Ljekarna je dakle na izvornom mjestu bila sve do 1681., kada su po zapovijedi tadašnjeg generalnog vizitatora, franjevci ljekarnu morali premjestiti u Mali klaustar, u blizinu samostanske bolnice.
Činjenica da je ljekarna od početka bila postavljena u prizemlje samostana, na mjesto dostupno građanima, govori o tome da je dubrovačka franjevačka zajednica odmah računala na njenu socijalnu ulogu, ali i na njenu ekonomsku isplativost. Tu tezu potvrđuje često spominjani podatak, da su franjevci nerado svoju ljekarnu premjestili u blizinu samostanske bolnice. A da je bolnica za potrebe braće funkcionirala u samostanu potvrđuju mnogi dokumenti, pa čak i usmena franjevačka predaja, po kojoj se određeni dio samostana do nedavno nazivao ‘bolnicom’.
Podatke potkrepljuje i vrlo stari dokument iz dubrovačkog gradskog arhiva. Oporuka je to Dobre de Gambe od 18. lipnja 1357. u kojem stoji: ‘Želim i naređujem da se napravi Maloj braći u Dubrovniku jedna bolnica s crkvom u čast sv. Benedikta’. Djelovanje bolnice dokazuje i kasnija oporuka Ivana Andrije Mart de Volcio iz god. 1465., u kojoj de Volcio ostavlja franjevcima 200 perpera za potrebe bolnice. Može se pretpostaviti, a to je u stručnim krugovima i općenito prihvaćeno, da su i prije ovih zapisa u samostanu funkcionirale medicinske ustanove za bolesnu braću, a to je mogao biti jednostavniji bolnički stacionar i ljekarna.
Fra Stipe Nosić