Nova, za ono vrijeme, izuzetno moderna ljekarna samostana Male braće uređena je i započela s radom 1901. u prizemlju samostana, na ulazu u klaustar.
Tada, kada nije više bila u klauzurnom dijelu samostana, postala je lako dostupna građanima. U ovoj novoj situaciji franjevački ljekarnici stajali su iza novog recepturnog stola i prodavali modernije, uglavnom industrijski pripravljene, medicinske preparate. Za njih je to bilo nešto posve novo, jer do tada su sami prema vlastitim receptima, ili iz drugih izvora preuzetim, pripremali lijekove, uglavnom na tradicionalan način. Očito im je nedostajala stara oficina, i sav onaj ljekarnički pribor kojeg su prije upotrebljavali. Bilo im je žao da brojni posjetitelji ne mogu vidjeti namještaj ljekarne, koji je ostao u Malom klaustru. Za njega, naime, u novoj ljekarni više nije bilo mjesta, jer većina stare ljekarničke opreme u modernoj ljekarni nije bila za upotrebu. Redovnici su stoga dugo razmišljali o tome kako bi stari namještaj prebacili u javno dostupni dio samostana.
Uspjeli su to učiniti tek 1938., na način da su sav vrjedniji inventar stare ljekarne prenijeli u prostoriju pored nove. Iako je taj prostor bio iznimno uzak u njega su smjestili gotovo sav namještaj s laboratorijskim priborom. Bila je to prva muzejska postava ljekarne s povijesnim eksponatima, koju su ljudi mogli pogledati. U to doba vodili su franjevci takoreći dvije ljekarne, onu s muzejskim eksponatima, i drugu aktivnu, u kojoj su radili i opskrbljivali građane, sada uglavnom na industrijski način pripravljenim lijekovima.
Epizoda, dvije ljekarne jedne pored druge, u prizemlju samostana, trajala je vrlo kratko, čak ni čitavo desetljeće, jer je Jugoslavenska država već 1947. izvlastila novu ljekarnu, pa su franjevci muzejski postav opet vratili u gornji dio samostana, na mjesto na kojem je ljekarna prije toga djelovala.
Fra Stipe Nosić