Točno pred 75. godina, 28. rujna 1944., partizani su fra Bernardina Sokola po noći odveli iz samostana s otoka Badije. Došli su po njega na motornom čamcu ljudi koje su drugi fratri na Badiji poznavali. Rekli su im da će Sokola, u tom trenutku bolesna, odvesti na Vis, ali su ga ubili između Badije i Orebića. Jedan rukom pisani dokument, nedatiran i nepotpisan, a sačuvan u samostanu Male braće u Dubrovniku, kaže: „Kad su ga počeli na smrt tući, uzviknuo je: `Živio Krist Kralj!` Ubivši ga bacili su ga u more, pa mu je tijelo isplivalo na obalu Pelješca blizu Orsana. Tamo je kraj puta i pokopan.“ Skupina ljudi koji su Sokola prepoznali, pokopali su ga tada tu u napušteno mitraljesko gnijezdo. Neka svjedočanstva govore, da su to javili fratrima na Badiju. Ali naravno fratri nisu tada smjeli ništa poduzimati. O ubojstvu nevinog čovjeka bez suđenja, morali su šutjeti. Dokaz za to je i službena knjiga vizitacije Franjevačkog samostana Badija u koju se vizitator o. Pero Peterca, na dan 24. rujna 1945., gotovo godinu dana nakon odvođenja Sokola, nije usudio upisati ni njegovo ime, nego konstatira: „[…] dočim je jedan član samostana bio pozvan na saslušanje 29. rujna 1944. na Vis kod vojnog suda N.O.V. od kuda se do danas nije vratio.“
Desetljećima su i mještani o tom ratnom zločinu morali šutjeti. O Sokolu ni kao o glazbeniku nije se smjelo javno govoriti, a njegova djela su sklanjana, iako mu je ime još za života ušlo u neke stručne strane glazbene leksikone.
Kad se osamostalila Republika Hrvatska, fra Marijo Šikić, provincijal Franjevačke zadarske provincije, pokušao je bezuspješno otkriti Sokolov grob. Tek 2012., neke osobe koje su bile prisutne kod Sokolova pokopa, preciznije i javno su pokazale mjesto na kojem je on pokopan. Ministarstvo hrvatskih branitelja 2018., na osnovi tog svjedočenja, pokušalo je naći posmrtne ostatke ubijenog fra Bernardina. Na tom mjestu našli su, međutim, samo potplate njegovih fratarskih sandala, što ukazuje na moguću činjenicu da su ubojice njegovo tijelo premjestili.
Da bi opravdali zločin, Sokolu su pokušavali pridati više različitih optužbi. Da je ispjevao pjesmu Anti Paveliću, a riječ je o pjesmi Miha Jerinića Anti Starčeviću, koju je Sokol uglazbio i tiskao. Da je izdao partizane na Vrniku, a kasnije se saznalo da ih je „izdao jedan njihov“, kako to stoji i u Sokolovu pismu koje se nalazi u arhivu OZN-e, danas pod signaturom MUP RH/I Kut 1219. Ispod njegova imena stoji tu „Rođen“ s povlakom, što znači nepoznatog datuma. Ispred imena na mapi je i broj 319640, te iznad njega još jedan prekrižen – 99743. Na dnu su još dva prekrižena broja: 186 i 99743. Nedostaje Sokolov datum rođenja. Nema optužbe. Nema osude. Nema ni „smrtnog lista“.
Skupština Dubrovačko-neretvanske županije 2019. posthumno je nagradila Sokola Priznanjem u obliku diplome za iznimna dostignuća značajna za Dubrovačko-neretvansku županiju. Prigodom 130. godišnjice njegova rođenja 2018. u njegovu rodnom mjestu Kaštel Sućurcu i u Splitu organizirani su Dani dr. fra Bernardina Sokola. Tada je i Hrvatska pošta izdala je markicu s njegovim likom.
Na „Otoku“, kako se zapravo zvala Badija, otvorena je nedavno vrlo vrijedna umjetnička galerija koja nosi ime fra Bernardina Sokola sa stalnim postavom akademskih kipara i slikara Izvora Oreba i Emilije Karlavaris. Ispred nje je postavljena i fra Bernardinova bista.
Time se Sokol simbolično vratio na Badiju. A tamo je iz samostana Male braće vraćen i „Sokolov brevijar“, knjiga koja je ostala iza korskih klupa u Badijskoj crkvi i boravila tamo u tišini oko šezdeset godina. Taj latinski brevijar iz 1736., sa svojom sudbinom, simbolizira šutnju koja je na Badiji i na Korčuli vladala. Komunističke vlasti 1949. oduzele su franjevcima Badiju. Hrvatska država otok im je opet vratila i tamo sada oni opet žive sa Sokolom.
Fra Stipe Nosić