Osim glavnih samostanskih vrata s monumentalnim portalom u klaustru je još nekoliko vrata koja služe za komunikaciju s drugim dijelovima kuće. Odmah iza glavnog ulaza je trijem, koji zapravo tvori predprostor klaustra. U njemu su vrata prema zapadu koja vode na kor ili u gospodarski dio. U tom prostoru su i dvoja vrata za ulaz u prostorije nove ljekarne. Do uređenja nove ljekarne, prema nacrtu Lorenza Vitelleschi 1828., u tom prostoru nije bilo vrata. Bio je tu samo prozor, a iza je bila portirnica. Na samom ulazu u klaustar su rešetkasta dupla drvena vrata zvana ‘raštelada’. Ona su napravljena 1939., što znači da su kroz klaustar određeno vrijeme građani mogli šetati, pogotovo kada se 1901. u prostor na ulazu u samostan preselila ljekarna. Na zapadnoj strani klaustra danas su četvera vrata. Neka od njih zajedno s prozorima, otvorena su kad je tu preseljena ljekarna, a prozori su probijeni kako bi ona imala dostatno svjetla. Drugi otvori na toj strani napravljeni su 1935. po uzoru onima na ljekarni.
Od tada je tu devet trokrilnih prozora. Od vrata upotrebljavaju se na toj strani redovito uglavnom ona stara u kutu, tik uz sjevernu stranu. Nakon posljednje obnove samostana, zbog ugradnje lifta u zapadnom krilu i drugačije organizacije nekih samostanskih prostora, postala su ova vrata od 2003. glavna vrata za komunikaciju s unutarnjim prostorijama samostana. Malo dalje do njih, na sjevernoj strani, zazidana su vrata koja su nekada iz klaustra vodila direktno u samostansku blagovaonicu. Blagovaonica kao najveća dvorana u samostanu imala je i prozore prema klaustru. Nakon što je ta prostorija dobila svodove, jer i ona je izvorno imala ravan strop, otvoreni su prozori prema gornjoj šetnici Velikog klaustra kao i prozori prema Malom klaustru. Na sjevernoj strani klaustra su i vrata koja su još uvijek u funkciji, a koja su do posljednje obnove bila glavna unutarnja. Pragovi, nadvratnici i dovratnici tih vrata otkrivaju da je, kao što je to s većinom vrata u samostanu, dolazilo do njihove prilagodbe. Zbog ugradnje profiliranog nadvratnika nad ovim vratima, konzola s desne strane na koju se oslanjaju lukovi svoda morala je biti podignuta nešto uvis.
Na istočnoj strani klaustra, smještena je samostanska kapitularna dvorana, koja je danas spojena s prostorom u kojem je sve do 1681. djelovala samostanska ljekarna. Dvorana je kroz povijest služila u različite svrhe, a danas je izložbeni prostor. Na toj strani su i vrata koja su vodila u ljekarnu, dok je tu djelovala. To je bio ujedno i ulaz u sakristiju, koji i danas služi u tu svrhu. Na južnoj strani klaustra velika su vrata kroz koja se u nekim osobitim prigodama ulazilo i još danas ulazi u crkvu. Na kamenom nadvratniku tih vrata sa strane iz klaustra uklesan je natpis: „Domus mea domus orationis est“ (Dom moj, dom je molitve), a ispod nadvratnika u sredini je medaljon gdje je Kristov monogram IHS. Još su na toj strani manja vrata koja vode na propovjedaonicu, ali ona se danas vrlo rijetko koriste. Većina kamenih pragova vrata u klaustru ukrašeno je simbolima perunike.
Fra Stipe Nosić