U prvim stoljećima kršćani su svoje mrtve pokapali u katakombama, a grobove su označavali znakom ribe. Nakon što su dobili slobodu, od 4. stoljeća pokojne pokapaju po rimskom običaju na grobljima izvan naselja. Početkom srednjeg vijeka počinju ih pokapati u crkvama, kako bi im tijela počivala u blizini ‘svetih’. Iz istih motiva odmah za vrijeme izgradnje franjevačke crkve i klaustra mnogi ljudi željeli su imati grobove u tim prostorima. Grobove su označavali križem, slovom Alfa i Omega, Isusovim monogramom, i slično.
O stoljetnom pokapanju umrlih u klaustru svjedoče još uvijek neke nadgrobne ploče na podu šetnice i natpisi uklesani ili ugrađeni u zidove zgrada koje ga okružuju, kao i u niske zidiće koji dijele šetnicu od vrta.
Grobovi su najprije kopani na šetnici od crkve prema sjeveru, zasigurno zato što je zgrada na istoku vrlo brzo nakon početka gradnje crkve bila formirana. Da su grobovi građeni u tom smjeru dokazuje popis grobova iz 1799., koji je dokumentirao brojeve većine nadgrobnih ploča, odnosno njihove vlasnike u to doba (AMB 3062). Prema tom popisu nadgrobna ploča Miha Pracata imala je broj 86., a prema knjizi ukopa (AMB 311) ona je bila ispred kapitularne dvorane. To govori, i da ploča s brojem 62, koja se danas nalazi poviše crkve na južnom dijelu šetnice, kao i druge na tom dijelu nisu na izvornom mjestu. Na ploči 62 je natpis: ‘MATTHAEI.STEPHANI.OBRADOVICH ET.ANDREAE.ALTESTI CINERES’ (Prah Mateja Stjepanovog Obradovića i Andrije Altestija). Obućar Mato Obradović bio je punac Andrija Altestija (Altestića) dubrovačkog diplomata. Altestić je poznat i po tome što je do smrti 1750. bio depozitor dubrovačke državne žitnice, a poslije ga je na tom poslu zamijenio sin Ivan Ksaver Altesti, koji se bavio i književnim radom.
I jedna od starijih sačuvanih nadgrobnih ploča s brojem 76 sada se nalazi u klaustru na južnoj strani šetnice, ima natpis zlatara Nikole Pribisalića iz 1414., da bi na nju kasnije bio uklesan natpis ‘grob Pasaretija 1713.’. Popis iz 1799. na tom broju navodi Antu Costantini, zvanog ‘Kosto Credi’. A da su grobovi vrlo brzo nakon početka izgradnje klaustra prekrili podove šetnice otkriva i najstariji datirani grobni natpis, onaj Đina sina Aleksija iz 1363., koji se nalazi na zidu koji dijeli južnu stranu dvorišta od vrta. Popis grobova dokazuje da su grobovi na južnu šetnicu klaustra došli najkasnije.
Zasigurno su kopani po potrebi, što znači prema narudžbi i po predviđenim nacrtima. Za gradnju kapelica s grobovima u kapitularnoj dvorani, ugovori su potpisivani između samostanskih sindika i s druge strane majstora, kako svjedoči zapis u HDA u Dubrovniku od 28. svibnja 1448. (Diverse notariae 32 f. 158). Onaj tko je dobio dopuštenje da napravi grob morao je i poslije toga plaćati godišnju grobnu naknadu za korištenje groba. Od te takse održavane su u to doba prostorije, a možda je dijelom financirana i izgradnja samostana. U slučaju kada nasljednici, nisu više podmirivali grobnu taksu, nakon određenog roka, grob bi se ‘iznajmljivao’ drugima pa je zbog toga u klaustru dosta otučenih natpisa. Najstariju datiranu ploču, kao i ploče na prvom pilonu, nije zadesila takva sudbina, što je znak da su franjevci znali njihovu vrijednost. Zbog skupoće izrade grobnica uglavnom su vlastite grobnice imali plemići i bogatiji pojedinci. Druge grobnice bile su zajedničke, odnosno pripadale su pojedinim bratovštinama, a veliki dio njihovih grobova bio je u klaustru. I danas se između ostalih tu nalaze grobni natpisi bratovština: orefici (zlatara), calzolari (cipelara), s. Luca (svetog Luke) i rivieri (glasnika ili ‘zdura’). Na primjer, dio grobne ploče Bratstva svetog Luke s natpisom: ‘(s. del) la confraterni(ta) di s. Luca 1791′, stoji na istočnom parapetu u 12. heksafori, kao pokrovna ploča (završni dio zida) između stupova koji nose kapitele 57 i 58. Na sličnoj poziciji, ali između dvostrukog stupa 20 i pilona 4, nalazi se dio nadgrobne ploče bratstva orefici (zlatara).
Istraživanja koja su u klaustru obavljana osamdesetih godina prošlog stoljeća pokazala su da je u klaustru na istočnom i južnom dijelu šetnice bilo 112 grobova. Sačuvani su popisi ukopanih od 17. stoljeća u rukopisima 311 i 415. A popis grobova napravljen 1799. otkriva da je tada u klaustru bilo numerirano 228 grobova. U sakristiji je u to vrijeme bilo 40 grobova, u koru i u kapelama oko velikog oltara u crkvi je bilo 10 grobova. U crkvi su pored toga bila 94 groba, od čega na gornji dio crkve otpada 45, a na donji 49. Kapitularna dvorana brojila je 40 grobova, kao i nekoliko grobnih kapelica. Nekoliko grobova bilo je i u prostoru pred ulazom u klaustar, kako dokumentiraju natpisi na kamenim pločama u zidu. Ukupno je dakle u samostanskim prostorima bilo oko 420 grobova. Prema spomenutom popisu, koji sadrži imena većine vlasnika grobova, na bratovštine je bilo upisano 68 grobova, a nalazili su se na sjevernom, istočnom, i ponajviše na južnom dijelu šetnice. K tome je više samostanskih grobova bilo namijenjeno za ukop siromaha.
Nakon istraživanja u klaustru na šetnici su ostavljene nadgrobne ploče, kao određeni uzorci, i to na južnoj strani njih 12, a na istočnoj strani dvije. Postavljene su uz rubne dijelove zgrada, kako bi se tako bolje zaštitile, jer se time smanjila mogućnost da se troše hodanjem po njima. Neke grobne ploče iz klaustra stavljene su tada u lapidarij, a veći dio njih smješten je u spremišta Dubrovačkog arheološkog muzeja.
Padom Dubrovačke Republike Francuzi su iz higijenskih razloga zabranili ukapanja u crkvama i unutar gradskih zidina. Austrijske vlasti čak su 1826. dale zapečatiti grobove, kako se oni ne bi koristili. I franjevci su bili prisiljeni poštivati te odredbe, pa se i njihovi članovi od 1806. pokapaju na groblju Danče, gdje do danas imaju dva groba. Ipak, u jednom slučaju zaobišli su fratri ovaj propis. Riječ je o fra Serafinu Guriću (1752. – 1835.), koji je čak tri puta obnašao službu provincijala, a u narodu je vrijedio kao čovjek sveta života. Nakon što je 6. kolovoza 1835. umro, subraća su ga poslije obreda u crkvi javno ispratila i pokopala na groblju Danče, a onda slijedeće noći u tajnosti prenijela i sahranila u franjevačku grobnicu u sakristiji.
Budući da klaustar više nije služio za ukapanja, grobne ploče u klaustru uglavnom su 1831. skinute. Jedan njihov dio upotrijebljen je za obnovu klaustra, a šetnica je popločana novim pločama. Poslije toga i grobovi u crkvi su prekriveni mramornim pločama.
Fra Stipe Nosić