Kroničar fra Vital Andrijašević (Dubrovnik, 1616. – 10. VII. 1688.), koji je preživio veliki potres 1667. u Dubrovniku zabilježio je da je crkva Male braće bila iznutra gotovo sva obložena zlatom i vrlo skupocjenim slikama.
Dva oltara, od njih dvadeset četiri, bila su salivena od srebra, a veliki su oltar resila dva reda srebrnih kipova, kojih je ukupno bilo dvadeset šest. Sve je to, kao i vrijednu knjižnicu s arhivom, uništio požar poslije potresa. Tada su izgorjele sve slike, od kojih su neke bile djela Tiziana, Rafaela, Caravaggia, kao i vrijedna djela dubrovačke slikarske škole (Dobričević i dr.). Uništeno je i veliko slikano raspelo Paola Veneziana koje se nalazilo iznad velikog oltara. Kao uspomenu na njega samostan danas čuva njegov crtež, kojeg je naslikao Simon Parlaschi, a tiskan je u Bologni 1614. Od stare crkve sačuvan je samo portal, djelo braće Leonarda i Petra Petrovića iz 1498. koji se nalazi na gornjim vratima crkve. U središnjem dijelu portala nalazi se Pieta (Marija s mrtvim Kristom). Gledajući prema portalu, s lijeve strane je kip sv. Jerolima, a s desne je kip sv. Ivana Krstitelja.
Na vrhu je lik Boga Oca s knjigom. To je ono što je od potresa i požara poslije njega ostalo na vanjskoj strani crkve. Također je od te katastrofe bila pošteđena sakristija. Nakon velikog potresa i požara crkva je bila neupotrebljiva, pa je slijedila njena obnova. U međuvremenu kao crkva služila je kapitularna dvoran, današnji muzejski prostor. Tek nakon četrnaest godina crkva je opet ušla u upotrebu, a i poslije toga desetljećima je uređivana i opremana oltarima i slikama.
U crkvi ipak postoji vrijedno umjetničko djelo čiji dijelovi potječu iz vremena prije velikog potresa. Riječ je o pet mramornih reljefa na propovjedaonici, za koje stručnjaci ocjenjuju da potječu iz 14. stoljeća. Zanimljivo je da je njihova ljepota, originalnost i posebno rijetka kombinacija likova, dugo vremena ostala od struke nezapažena. Jedan od reljefa predstavlja i lik sv. Marije Magdalene, koja vrijedi i za zaštitnicu ljekarnika. Ta činjenica nedvojbeno upućuje na vezu franjevačke propovjedaonice s ljekarništvom, poslom kojim su se franjevci stoljećima u Dubrovniku bavili.
Fra Stipe Nosić