Ljekarna smještena u Malom klaustru bila je za građane gotovo nedostupna, ali tu je imala puno bolje uvjete za rad nego što je to bio slučaj dok je djelovala na svom izvornom mjestu, u prizemlju samostana.
Tu su postojali neusporedivo veći prostori za smještaj opreme i lijekova. U njenoj blizini i pod kontrolom ljekarnika, mogli su se obavljati razni zahtjevniji tehnološki procesi. I vrt, s ciljano uzgojenim biljem, bio je nadomak ruke. Isto tako prostora za pripremu lijekova bilo je mnogo više. Tu vjerojatno i leži razlog zašto je ljekarna tako dugo ostala „izvan dosega“ korisnika.
Ipak, dvadeseto stoljeće s novim dostignućima, novom ljekarničkom praksom i novim zdravstvenim potrebama, prisililo je franjevce da prilagode svoju ljekarnu novonastalim prilikama. Prostor u Malom klaustru, u kojem je ljekarna djelovala od 1681., nije više odgovarao potrebama moderne farmacije. Odlučili su stoga franjevci 1901. ljekarnu premjestiti na mjesto koje će biti dostupno građanima.
To su bile prostorije pored ulaza u klaustar, koje je trebalo prilagoditi, a prozore proširiti kako bi ljekarna imala dovoljno svjetla. Taj zahvat oštetio je, na žalost, donji dio oslika o životu sv. Franje Asiškog, koji se nalaze u lunetama na toj strani klaustra. Preuređenje prostorija i opremu ljekarne financirao je veliki dobročinitelj samostana i grada Dubrovnika vitez Svetog groba Ignacije Amerling. O njegovu doprinosu kod uređenja ljekarne svjedoči kamena ploča, koja se danas nalazi na zidu u klaustru pored ljekarne.
Na njoj latinskim jezikom piše: „PHARMACOPOLIUM E SUPERIORE CONV. (entus) PARTE TRANSFERENDUM MAGNIFICETIUS IN HOC PERISTYLIO INTERIUS INSTAURATO EXTRUENDUM DE SUO CURAVIT IGNATIUS EQUES AMERLING RAGUSINUS A.MCMI.“ To znači: „Ignacije, vitez Amerling, Dubrovčanin, od svojeg (novca) se pobrinuo da se apoteka iz gornjeg dijela samostana prenese, da se raskošnije postavi u ovoj sobici koja je iznutra obnovljena. Godine 1901.“ U spomen na vezu Amerlinga i franjevaca, Mala braća čuvaju njegov portret, kojeg je naslikao Marko Murat.
Prostor nove ljekarne, što se oficine tiče, od tada do danas uglavnom je ostao nepromijenjen. Restauracija ljekarne vršena je doduše već 1910., ali očito se tada radilo o nekoj manjoj preinaci, budući da dokument kojeg su „restauratori“ tada pohranili u ljekarni iznad jedne grede na stropu, otkriva uglavnom imena ljudi apotekarske struke. Poslije domovinskog rata, godine 2001., ljekarna je temeljito obnavljana. Tada su prostorije, na katu iznad nje, koje je do tada ona koristila, prenamijenjene u druge svrhe. Nova oficina zadržala je međutim svoj prvotni izgled.
Fra Stipe Nosić