Franjevci su odavno bili svjesni kulturnih vrijednosti svojih prostora. Znali su također da je iz medicinske perspektive iznimno važan stari inventar njihove ljekarne. To potvrđuje i činjenica da su muzejsku postavu bili spremni nekoliko puta seliti.
Nakon što je 1901. uređena i modernim namještajem opremljena nova ‘Amerlingova’ ljekarna, stari inventar ostao je u Malom (gornjem) klaustru. Godine 1938. prenesen je i postavljen kao stalna izložba u relativno uski prostor pored nove apoteke.
Činjenici da u novu ljekarnu nije išlo gotovo ništa ili vrlo malo od stare, može se zahvaliti da je stari namještaj i apotekarski pribor, koji se nalazi u današnjoj staroj ljekarni, relativno dobro očuvan, a da su i neki istrošeni i oštećeni rekviziti preživjeli. Zna se da je veliki dio eksponata, pribora koji je upotrebljavan u prvoj apoteci, prenesen najprije u Mali klaustar gdje je bio u funkciji, da bi se kasnije kao izložbeni inventar selio u prostor u prizemlju na ulazu u samostan.
Kada je država 1947. oduzela franjevcima pravo na držanje ljekarne, muzejski dio ljekarne opet je preseljen u gornji klaustar. Tek 1955. stekli su se uvjeti, da se muzejska postava stare ljekarne preseli na današnje mjesto, na mjesto gdje je ona djelovala od početka. Te godine, 1. svibnja, muzej stare ljekarne otvoren je za javnost. Tako se on selio tri puta, isto onoliko koliko je to morala učiniti ljekarna u svom radu kroz povijest.
Dio namještaja i pribora u današnjoj muzejskoj postavi može se prepoznati kao onaj koji je služio baš tu, na izvornom mjestu ljekarne. U njega spadaju čak i dva jednaka drvena ormarića iz kasne renesanse, koji potječu s kraja 16. ili s početka 17. stoljeća. Na njihova dna s vanjske strane pričvršćeni su komadi dekorativne kože, koji su nastali također u to vrijeme.
Od otvaranja muzeja na ovom mjestu do danas klaustar i staru ljekarnu posjetili su milijuni ljudi. Od godine 2004. do 2017. taj broj je, na primjer, iznosio preko tri i pol milijuna. Među posjetiteljima zabilježen je veliki broj svjetskih državnika i poznatih osoba iz javnog života.
Treba napomenuti da su franjevci, i prije muzejske postave ljekarne na ovom mjestu, od svog iznimno skladnog klaustra pokušali napraviti neku vrstu ‘muzeja’. Drvena rešetkasta vrata na ulazu u klaustar (‘raštelada’) napravljena su tako 1939., kako bi se ‘uveo red’ u klaustru, a simbolična ulaznica bila je tada kupovina jedne razglednice. Taj projekt prekinuo je međutim Drugi svjetski rat.
Fra Stipe Nosić