Općenito je prihvaćeno mišljenje da je ljekarna Male braće u Dubrovniku osnovana u isto vrijeme kad i njihov samostan unutar zidina, a to je godina 1317.
Prema tom terminu slavi se 2017. godine 700. obljetnica, kao što je 1967. slavljena 650. obljetnica neprekidnog rada ljekarne.
Zna se da je ljekarna djelovala u prostoru u kojem se danas nalazi njena muzejska postava. Stara ljekarna tu je bila smještena u sasvim malom prostoru dužine 9 metara, a širine svega oko 2,5 metra. Prije nego je taj prostor dobio svod imao je i neku vrst polukata, o čemu svjedoči prozor koji je iz ljekarne gledao u sakristiju, a koji je i danas vidljiv sa strane sakristije. Sakristija i kapitularna dvorana, koja je danas spojena s izložbenim prostorom ljekarne, u isto vrijeme dobile su svodove, radi bolje protupotresne zaštite. Prije toga sakristija je imala kasetni strop, kako je otkrila nedavna obnova. A zapisano je da su za pristup ljekarni postojala vrata iz današnje ulice Celestina Medovića, tako da se lijekove moglo dobiti a da se ne ulazi u samostan, na što se u prvim stoljećima franjevaštva strogo pazilo.
Prvi dokument koji govori o ljekarni je Kronika fra Vitala Andrijaševića (1616.-1688.). Fra Vital je preživio veliki potres 1667. i zabilježio da je od pamtivijeka u prizemlju samostana postojala ljekarna, odnosno takozvani aromatorij. Također knjiga ukopanih, s opisima položaja grobova, potvrđuje podatak o postojanju aromatorija na tom mjestu. Ipak, ne postoje pisani dokumenti o ljekarni iz prva dva stoljeća njenog rada. Pretpostavlja se, da ih je zajedno s arhivom i knjižnicom uništio požar nakon velikog potresa.
Argumenti za tvrdnju da je ljekarna postojala od početka samostana izvlače se međutim iz samog pravila Franjevačkog reda po kojem svaki član zajednice treba raditi, kao i da je svaki brat dužan brinuti se za bolesnog brata. Po toj logici već u planovima izgradnje ovog velikog samostana morala je biti predviđena i bolesnička jedinica.
Drugi važan argument za rano uređenje aromatorija jest potreba osiguranja izvora prihoda samostanu. Ti argumenti govore da je ljekarna od početka bila javna, i da je služila za opskrbu bolesne braće lijekovima, ali isto tako da je proizvodila lijekove kako bi samostan bio relativno ekonomski stabilan.
Po ovoj pretpostavci djelovala je ljekarna na ovom izvornom mjestu preko tri i pol stoljeća, sve do 1681., kada je generalni vizitator Reda Felix iz Aquile odredio da se ljekarna premjesti u Mali klaustar, u neposrednu blizinu samostanske bolnice.
Fra Stipe Nosić