Ljekarnu Male braće i njezino djelovanje, tijekom dugoga životnog vijeka, pratile su različite poteškoće.
Već u 17. stoljeću generalni vizitator Reda odredio je da se ona premjesti u gornji dio samostana. Papa Benedikt XIV. 1741. dekretom je zabranio rad javnim samostanskim ljekarnama. A Narodna Republika Hrvatska oduzela je pak samostanskoj ljekarni 1947. pravo na rad.
I austrijski zakoni također su joj ozbiljno dovodili u pitanje opstanak. Kad je 1814. austrijska vlast zamijenila francusku upravu u Dubrovniku i čitavoj Dalmaciji, zaključkom Bečkog kongresa 1815., svojim zakonskim odredbama u mnogim područjima otežala je život franjevcima u Dubrovniku. Posebne odredbe koje su se odnosile na rad ljekarnā dovele su u pitanje i opstanak franjevačke.
U Zadru je 26. prosinca 1816. objavljen priručnik Istruzione per gli speziali, della Dalmazia, di Ragusa, e Cattaro. (Upute za ljekarnike u Dalmaciji, Dubrovniku i Kotoru), s 50 paragrafa, uz pomoć kojeg je rad ljekarna na novom teritoriju trebao biti usklađen s austrijskim propisima. Prema tom dokumentu provizori ljekarne morali bi imati završen studij. Budući da kod franjevaca takvih nije bilo, prijetilo je zatvaranje, iako je iskusni ljekarnik fra Ivan Evanđelist Lučić do toga trenutka već nekoliko desetljeća vodio ljekarnu, a bio je tako stručan da je obavljao i raznovrsne manje operacije. Franjevci su tada određeno vrijeme dobivali privremene dozvole za rad.
Iskoristili su međutim dolazak cara Franje I. u samostan 1818., pokazali su mu ljekarnu i usmeno molili dozvolu za nastavak rada. To su očito činili i pismeno, radeći u ljekarni i dalje. Prošlo je deset godina od posjeta Dubrovniku dok je Car 5. lipnja 1828. donio dekret pod brojem 15909/2303, kojim je dopustio samostanu da »ostane u posjedu ljekarne kao i u prošlosti, podvrgavajući se sanitarnim odredbama, kako u pripremi i u prodaji lijekova, tako i u osposobljavanju za to određenog osoblja«.
To je »Njegovo veličanstvo s previsokom vladarskom odlukom« odlučilo, kako piše u dokumentu kojim je tadašnji gubernator Dalmacije iz Zadra, preko biskupskog ordinarijata obavijestio samostan. Ljekarna dakle i danas živi s rijetkim uspomenama da je u radu nije pokolebala Papina zabrana, i da je njen rad kao iznimku osobno odobrio jedan car.
Fra Stipe Nosić