Crkva sv. Stjepana najstarija je sakralna građevina u povijesnoj jezgri.
Bizantski car Konstantin VII. Porfirogenet u svom djelu ‘De administrando imperio’ iz 949. godine, crkvu sv. Stjepana u Pustijerni navodi kao središnju i najznačajniju građevinu Dubrovnika u kojoj se čuvaju relikvije sv. Pankracija, ističu iz Društva prijatelja dubrovačke starine.
U djelima pisaca novijeg doba, također je prepoznata kao jedno od poznatijih dubrovačkih svetišta zbog mnoštva relikvija koje su u njoj pohranjene. Prema legendi, u crkvi sv. Stjepana 971. godine, sv. Vlaho se ukazao svećeniku Stojku upozorivši ga na mletačke brodove u Gružu i pod Lokrumom.
Prilikom velikog potresa 1667. godine, crkva se srušila i više nikada nije obnovljena.
Tijekom godina napravljena su značajna arheološka istraživanja, a Društvo prijatelja dubrovačke starine konzerviralo je te djelomično rekonstruiralo ostatke zidova crkve dok je na pod vraćeno kameno popločenje.