U samostanskim prostorima Male braće od samog početka izgradnje obavljali su se ukopi pokojnika, a većina grobova bila je u klaustru.
Zapisi o ukopima prije velikog potresa 1667. nestali su, vjerojatno u požaru koji je samostan zahvatio nakon potresa. Za razdoblje nakon toga sačuvano je nekoliko knjiga u kojima su imena pokojnika koji su pokopani u crkvi, kapitularnoj dvorani, sakristiji i u klaustru. Rukopisi se čuvaju pod brojevima 311 i 415. Od poznatijih imena koja su tu zapisana, ističu se među franjevcima: Andrijašević Vital, 1688.; Bernardin iz Tulona 1742.; Inocent Grgić, 1776.; Ivan Sebastijan Slade, 1777.; Paško Baletin, 1792.; Ivan Krizostom Klešković, 1796.; Serafin Gurić, 1835.; i drugi.
Tu su ukopani i neki biskupi franjevci ili oni koji su uz samostan bili vezani, kao što su: Jacint, biskup stonski, 1693. u crkvi ispred oltara sv. Josipa; Hijacint Tvrtković, 1693. biskup stonski; Nikola Ferić, biskup Mrkana i Trebinja, 1739. iza glavnog oltara u biskupski grob; Mario Andrijašević iz Popova, biskup nikopoljski, zatim nadbiskup filipopoljski, 1740. u sredini dvorane kapitula; Anđelo Franchi nadbiskup dubrovački, 1751. iza glavnog oltara; Frano Volanti, bivši biskup stonski, 1774. u sredini kapitula; Benedikt Zuzeri, biskup sofijski, 1778. iza glavnog oltara; i Luigi Spagnoletto, biskup dubrovački, 1799. iza glavnog oltara u biskupski grob; i drugi.
Osim toga u prostorima samostana grobnice su imale plemićke obitelji: Bona, Binciola, Bobali, Bucchia, Caboga, Cerva, Gethaldi, Gondola, Pozza, Procoli, Ragnina, Resti, Saraca, Sorgo, Stay, i druge. U njemu su i vječni mir našli: Miho Brajkov, prva polovica 14. stoljeća, a nadgrobni mu je natpis na pilonu 1.; Đino, sin Aleksija, 1363.; Marin (Maroje) Klementov Gučetić, 1369. u sarkofagu u klaustru; Radun klesar, 1428., a nadgrobni mu je natpis na pilonu 1; Carlo od Chabraia, 1574. u klaustru; Miho Pracat, 1607. u klaustru blizu kapitularne dvorane; Michele di Luca, urar i sabljar, 1608. u klaustru pred vratima propovjedaonice; RestiGunio Nikolin, 1636. u sakristiji; Ivan Gundulić, glasoviti pjesnik, 1638. u crkvi blizu glavnog oltara;
Stay Marija, žena slikara Benka, 1648. u klaustru; Sorgo Nikola Gange, 1662. u kapitulu u kapeli sv. Nikole; Bunić Nikola Franov, knez, 1683. u vlastiti grob u kapeli sakristije; Matija Kopčić, 1659. u klaustru; Bernardin Ričardić, 1716. u crkvi ispred oltara; Grgić Marko, 1737. u crkvi; Nikola Bošković, brat Ruđera Boškovića, 1722. u crkvi, grob br. 8; Resti Giunio Antonio, 1735. u sakristiji; Andrija Altesti (Altestić), 1750. u klaustru; Anica Bošković, sestra Ruđera Boškovića, 1804. u crkvi, grob br. 10.; i mnogi drugi.
Fra Stipe Nosić