Od 51 granate, koliko ih je u Domovinskom ratu pogodilo kompleks samostana Male braće, jedna je 6. prosinca 1991. pogodila muzej.
To je prostorija u kojoj je ljekarna Male braće bila smještena nekoliko stoljeća, a u kojoj se od 1955. nalazi muzejska zbirka s eksponatima stare ljekarne. Riječ je o granati velike razorne moći, o protutenkovskoj granati, koja je ispaljena sa Zvekovice. Očito se ovdje radilo o točno odabranom cilju, jer je granata morala proći čitavom ulicom Prijeko, ulicom koja se proteže paralelno sa Stradunom i otprilike isto toliko dugačkom (oko 300 metara).
Granata je probila istočni zid muzejskog prostora i završila unutar te prostorije na zapadnom zidu. I kut pod kojim je zid probijen potvrđuje tezu o namjernom pogotku, jer pogodak u to mjesto i pod tim kutom ne bi bio moguć da granata nije išla kroz ulicu.
Nedjelo je to srpsko-crnogorskih napadača, iako je samostan služio Međunarodnom crvenom križu kao štab, i kao takav, po članku 38 Ženevske konvencije, bio označen s vrlo vidljivim zaštitnim znakom. Kao konkretni dokument tog kulturocidnog čina sačuvana je rupa u istočnom zidu muzeja, kao i tragovi tog udara unutar muzejskog prostora.
Eksponati stare ljekarne ostali su tada začudo neoštećeni, tako da će franjevačka ljekarna s mnogim originalnim eksponatima 2017. slaviti 700. obljetnicu postojanja.
Manje je poznato da je podrumski prostor pored muzeja, koji je od muzeja odvojen improviziranim i zamaskiranim vratima, služio tada kao sklonište, i da su se u trenutku napada, na blagdan sv. Nikole, u njemu nalazili članovi samostana i promatrači Međunarodnog crvenog križa s pratiteljima. Kod udara granate otvorila su se improvizirana vrata i dvadesetak ljudi u toj prostoriji našlo se u dimu i prašini. Ostali su ipak neozlijeđeni. Sv. Nikola, zaštito je ove ljude. Neki drugi po gradu Dubrovniku nisu bili te sreće.
Fra Stipe Nosić