Samostansko zdanje, zajedno s dvorištima i vrtovima, primilo je za vrijeme Domovinskoga rata 51 direktan pogodak granatom. Pogođeni su: zvonik, crkva, sakristija, stara knjižnica, muzej, Mali klaustar, krovovi svih zgrada i mnoga stabla u vrtovima. Geleri su pogađali zidove zgrada, probijali u crkvu, samostanske sobe, blagovaonicu i u druge dijelove samostana, pa će ratne rane dugo svjedočiti o tom barbarskom činu. Uništena ili oštećena su vrijedna kulturna dobra. Ipak, najteža oštećenja doživio je Veliki klaustar. Bilo je to na blagdan sv. Nikole biskupa 6. prosinca 1991. Samostan je gađan i u nekoliko navrata u svibnju (29. i 30.) i u lipnju (8.; 19. i 29.) 1992. iako je bio u ‘neutraliziranoj zoni’, jer su u njemu boravili pripadnici Međunarodnog Crvenog križa iz Ženeve (I.C.R.C.). Iako propisno označen kao stožer Crvenog križa, bio je meta više napada teškom artiljerijom. Danas više i nije moguće uživjeti se u te trenutke. Ostavio ih je zabilježene u pjesničkom nadahnuću Mario Nardelli u pjesmi „Nad agonijom sklada, Klaustru Male braće“ koju je napisao nekoliko dana nakon posljednjeg bombardiranja klaustra.
Veća oštećenja klaustra otklonjena su i njihovi tragovi jedva su danas vidljivi. Najteže je bila oštećena gornja šetnica, i to na nekoliko mjesta, a posebno teško u jugozapadnom kutu. Također je oštećena ograda oko gornje šetnice i to na zapadnom dijelu, pri čemu je njezin dio u jugozapadnom kutu bio destabiliziran, a segmenti 13. i 14. na toj strani posve srušeni. Na ogradi su ostala brojna oštećenja od gelera, kao i brojna manja oštećenja na raznim dijelovima klaustra. Kameni plašt, sa strane vrta u jugozapadnom kutu, bio je na više mjesta jako oštećen. Rigalica u tom kutu bila je potpuno uništena.
Na zapadnoj strani rozete 4 i 5 pretrpjele su manja oštećenja. Teško je oštećen kapitel 20, a figure na kapitelu 8 i 18 imaju rane od gelera. Gelerima su oštećeni dvostruki stupovi, uglavnom oni koji su na strani vrta, i to: 2, 4, 8, 9, 12, 13, 19, 20, 25 i 27.
Fra Stipe Nosić