Sakristija je dobila poseban ugođaj za vrijeme obnove 1963., kada je na šest njezinih gotičkih prozora postavljeno šest vitraja po nacrtu fra slikara Vinka Fugošića. On je opisujući taj posao naveo da su prozori do tada većim dijelom bili zazidani ‘… a samo pri dnu svakoga ostavljen je tek malen otvor za nužno osvjetljenje’. A kroničar fra Vinko Malaj zapisao je da su 23. studenog 1963. postavljena: ‘raznobojna stakla u obliku romba s figurama sv. Franje i sv. Vlaha, te grbovima Franjevačkog reda i grada Dubrovnika, grbovima obitelji Bunić i Gučetić’. Vitraje je u državnoj radionici u Zagrebu izradio gospodin P. Sušilović. A 13. siječnja skinute su s prozora rešetke, i 10. veljače 1964. radovi su bili završeni.
U Domovinskom obrambenom ratu 6. prosinca 1991., kad su neprijateljski napadi na Dubrovnik bili najžešći, uslijed detonacija granata uništeni su ovi vitraji. Prozori su nakon toga bili zatvoreni provizornim drvenim okvirima sa staklima i stajali su tako gotovo 15 godina. Godine 2006., nakon uobičajene procedure izrade skice i pismenog odobrenja konzervatorskog odjela u Dubrovniku, umjetnik Josip Botteri Dini napravio je nove vitraje i oni su te godine u svibnju postavljeni na prozore. Visina im je 415, a širina 80 cm. Na šest prozora predočen je život sv. Franja Asiškog, i to počevši na prozoru blizu sjevernog zida, pa u smjeru kazaljke na satu: prvi prozor, Franjo prima stigme, u donjem dijelu scene vidi se klaustar i Crkva Male braće; drugi prozor, Franjo slavi Božić; treći prozor, Franjo propovijeda pticama, pri dnu je Crkva sv. Vlaha; četvrti prozor, Franjo moli križni put; peti prozor, Franjina pjesma bratu suncu, a pri dnu u sredini naslikan je franjevački grb; i šesti prozor, Franjino preminuće. Prije postavljanja vitraja na prozore obnovljene su njihove kamene igle, a nakon postavljanja vitraji su izvana zaštićeni mrežama na okvirima od nehrđajućeg čelika.
Čitav taj umjetnički i obrtnički posao učinjen je uz pomoć nekoliko donatora. O Botterijevim vitrajima pisao je Bernardin Škunca u časopisu Dubrovnik 2007., pod naslovom: ‘Mistična pjesma Franje Asiškoga“. Između ostalog, on tu kaže: ‘…u sabranom promatranju Botterijevih vitraja lako je uočiti šest izrazito kontemplacijskih i mističnih stanja Franja Asiškoga. Motritelj (i molitelj) ne može se oteti dojmu da je Josip Botteri bio duboko suživljen sa spomenutim stanjima duše velikoga mistika kršćanstva, asiškoga slavitelja Boga i svih stvorenja. U botterijevskoj eksploziji boja, kao u nekom slikarskom krešendu, ’uhvaćen je‛ lik, osoba Franja Asiškoga s izrazom svečeve duše i s umjetničkom ljepotom koja plijeni oko motritelja.’
Fra Stipe Nosić