Prostor sakristije služio je za ukop pokojnika, kako je to bilo s gotovo svim ‘javnim’ prizemnim samostanskim prostorima. Ukop u sakralnim prostorima praksa je srednjovjekovnih ljudi s motivom da tijela umrlih budu blizu ‘svetih’. A tako je u Dubrovniku bilo sve do dolaska Francuza u grad, odnosno do pada Dubrovačke Republike, kada je zabranjeno ukapanje u crkvama. U sakristijskom prostoru, prema sačuvanom popisu iz 1799., bilo je 40 grobova, dok ih je u čitavom samostanu bilo više od 420. Od onih u sakristiji neki su bili rezervirani za redovnike, a većina drugih za poznate dubrovačke vlastelinske obitelji. Za sakristiju je od njezine izgradnje posebno bila vezana obitelj Bunić, koja je u njoj imala dva groba, s brojem 6 i s brojem 20. Član te obitelji Luka Mihov dao je u sakristijskoj kapeli 1528. oslikati oltar u kojem su se pod ključem čuvale moći svetaca. Grobove u sakristiji imale su i obitelji: Menčetić, Sorkočević, Saraca, Gučetić, Zamagna, Getaldić, Crijević, Resti, i drugi.
Prema samostanskoj kronici, novi pločnik u ovu prostoriju postavljen je 1963., a grobne ploče ostale su ispod njega. Prethodno je, točnije 24. ožujka 1961., fra Vinko Malaj napravio tloris sakristije s ucrtanim položajem nadgrobnih ploča, a u to vrijeme veliki ormar bio je na restauraciji u Splitu. Dokument donosi položaj i smjer grobova obilježen rednim brojevima. Prema Malajevoj skici, ispod ormara na sjevernoj strani nisu bili grobovi. A ormari su s istočne strane premješteni na tu stranu 1509. kada je u sakristiju ugrađen svod. Nekoliko godina poslije sakristiji je dodana Bunićeva kapela. Prva tri groba bila su u toj kapeli i to od sjevera prema jugu. Grobovi zatim idu od istoka prema zapadu sakristije, pa od zapada prema istoku i tako istim slijedom dalje. Ispod ormara uz sjeverni zid nema brojeva grobova, ali su ucrtane grobne ploče, što može značiti da su grobovi i tamo bili predviđeni, ali kad su tu postavljeni ormari ispod njih nije vršen ukop. Naime, zbog veličine ormara isključena je svaka mogućnost njihova micanja pri eventualnom ukopu, a to ne bi ni bilo u skladu s pijetetom kojega rodbina gaji prema svojim pokojnima. Grobovi su i prije premještanja ormara s istočne pozicije na sjevernu, kao onaj Bunića, već bili u sakristiji. Ipak, brojevi uklesani na njih, od 1 do 40, moraju biti iz vremena nakon što je sagrađena kapela. Odaje to Malajeva skica koja grobove od broja 1 do 3 ima u kapeli. Iako su grobne ploče prekrivene, u zapadnom zidu sakristije ostalo je nekoliko grobnih natpisa na malim kamenim pločicama. Radi se o natpisima koji govore o grobovima: Ranjine, Menčetića, Crijevića i Sorkočevića. Ako se računa prema imenima na njima, čini se kako je tu riječ upravo o najstarijim grobnim natpisima.
Fra Stipe Nosić