O promjeni izgleda sakristije svjedoče najviše ostaci koje je na svjetlo dana donijela nedavna obnova istočnog krila samostana. Prema tim otkrićima, sakristija je sigurno u početku bila pravokutna prostorija s kasetnim stropom. Na istočnoj strani imala je, čini se, romaničke prozore, na što upućuju ostaci po jednog dovratnika koji su još uvijek vidljivi na vanjskoj istočnoj fasadi s lijeve i s desne strane dvaju današnjih prozora. Poslije je sakristija umjesto romaničkih dobila gotičke prozore. Bili su podignuti visoko, tako da su im vrhovi dopirali do samog stropa. Ne zna se kad su ugrađeni, ali o njihovu postojanju svjedoče ostaci vrhova dvaju prozora koji su ostali iznad svoda, a nalaze se točno iznad dvaju današnjih prozora. Prema njihovim proporcijama i položaju dade se zaključiti da su bila četiri. O vrhovima dva srednja prozora nisu ostali tragovi, jer su zasigurno uklonjeni kad je tu ugrađen luk kapele. Svod je u sakristiju ugrađen 1509., kako stoji u dozvoli koju je 2. siječnja te godine franjevcima dao Senat (Vijeće umoljenih). U Državnom arhivu u Dubrovniku čuva se bilješka o odredbi (DAD, Cons. rog. 31,71) prema kojoj, kako čita i prevodi Relja Seferović, odobrava franjevcima da izrade svod u sakristiji. Na dokumentu između ostalog stoji: „Prima pars est de consentiendo dictis fratribus quod possint prosequi laborerium dicte volte et ipsam voltam facere cum plegiaria ser Ambrosii Marini de Gozze pro securitate per annos quindecim continuos proxime futuros dicte volte, qui sit obligatus cum omnibus bonis suis pro omni damno et manchamento quod sequeretur infra dictum terminem. Per xxv, contra xi, ex aliis.“ To znači: „Prvi je prijedlog da se spomenutim fratrima dopusti da nastave s izgradnjom spomenutoga svoda. Smiju izgraditi navedeni svod uz jamstvo vlastelina Ambroza Marinova Gozze, koji jamči za idućih petnaest godina za taj svod i obvezuje se da će svim svojim dobrima jamčiti za bilo kakvu štetu ili nedostatak koji bi nastali u navedenome razdoblju. Prijedlog je prihvaćen s 25 glasova za i 11 glasova protiv.“ Kod tog posla jamac je dakle bio vlastelin Ambroz Marinov Gučetić. A Ambroz (oko 1463-1522), je jedan od Marinovih sinova i zasigurno je bio samostanski sindik, a i njegov brat Augustin bio je franjevac. Ova veza objašnjava činjenicu postojanja grbova obitelji Gučetić na kapitelima na tri zida sakristije koji su ugrađeni kao stope svodova. Njihovi grbovi su po dva na zapadnoj, sjevernoj i južnoj strani. Samo na kapitelima na zidu istočne strane nema takvih grbova. Zasigurno su uklonjeni kod izgradnje kapele. Grbovi obitelji Gučetić nalaze se i na sarkofagu u klaustru, u kojeg je prvi ukopan Marin Gučetić oko 1369., što otkriva da je ova obitelj među prvima imala grobnicu u franjevačkom samostanu.
A sama kapela, kako sugerira jedan zapis o „povećanju sakristije“ napravljena je 1513. Kod tadašnjeg proširenja, u istočni zid ugrađena su dva jaka kamena pilona na čije kapitele je naslonjen masivni kameni luk. Na kapitele stupa, sa sjeverne i južne strane, ugrađen je po jedan novi manji kapitel, i na te kapitele naslanja se očito ponovno prilagođeni svod sakristije. Na takav zaključak upućuje sama forma svoda iznad luka. U kapitele pilona s unutarnje strane uklesani su grbovi obitelji Bunić, obitelji čiji je pripadnik Luka Mihov Bunić od slikara Pierantonia Palmerinia 1528. naručio oltar moćnik. Svod kapele ukrašen je ukrasnim kamenim rebrima koji imaju i statičku funkciju, a u sredini je kameni medaljon s reljefom krilatog anđela koji preko lijeve ruke drži plahtu, što se tematski može povezati s povojima Uskrslog, odnosno s vjerom u Uskrs, jer je kapelica građena da bude grobno mjesto. U zidu pored oltara desno kamena je ukrašena niša (kustodija) koja kao pokrov ima školjku, a na samom vrhu je trolist ili ljiljan.
Pretpostavka je, utemeljena na ostacima vrhova dva prozora iznad svoda, da su kod ugradnje svoda sakristije sva četiri gotička prozora spušteni prema podu. Tada je veliki drveni ormar koji je napravljen prije toga i koji je do tada bio smješten uz istočni zid morao biti prilagođen i premješten uz sjeverni zid.
Sama sakristija preživjela je i veliki potres 1667., kad je izgorjela crkva sa zapadnim dijelom samostana. Ipak, u njezinu svodu prema istočnom zidu vidljiva je „neravnina“, koja se proteže sve do polovice kapitularne dvorane, što je u stvari pukotina nastala za jednog od potresa. Prema usmenoj tradiciji sakristija je bila jedna od rijetkih svečanih velikih sačuvanih prostorija u gradu nakon velikog potresa, pa je u njoj navodno održana sjednica Vlade Dubrovačke Republike. Tradiciju potkrepljuju drvene stolice obložene devinom kožom koje su tada ostale u sakristiji, a danas su u franjevačkoj knjižnici.
Fra Stipe Nosić